Marquarstein liegt mitten im Tal der Tiroler Ache. Die Chiemgauer Alpen starten hier gleich mit einem markanten Gipfel, dem 1748 m hohen Hochgern. Das Wanderwegenetz umfasst aber noch viele weiteren Berge. Vom Ortsteil Niedernfels gibt es einen Sessellift als Aufstiegshilfe zur Staffn Alm, um von dort die Hochplatte zu besteigen – oder mit einem Paragleiter ins Tal zu segeln.